시벨리우스 파일 올려 놓으시면 분석해 보겠습니다.
짐작컨데 다시 설치하는 방법이 좋을것 같습니다.

시벨리우스 지원사이트에 소개된 글입니다. 혹시 이 방법으로 해결되실지 모르겠군요.
해결되시면.. 리플 부탁 드립니다.
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Rhythm dots are missing from dotted notes in Sibelius
When dotted rhythms are displayed in Sibelius they play back correctly, but the dots aren't visible.
A simple refresh of the Sibelius Music Fonts should get on top of this:
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- Close Sibelius if open (시벨리우스가 열려있다면.. 일단 닫는다)
- Delete the Sibelius Music Fonts (시벨리우스의 뮤직 폰트를 삭제한다)
  * Go to Start > Control Panel > double-click "Fonts" (제어판을 열고, 폰트를 더블클릭한 후)
    and drag to the trash any fonts found in this folder called Opus, Inkpen, Inkpen 2, Helsinki and Reprise.
      (Opus, Inkpen, Inkpen 2, Helsinki and Reprise 폰트를 휴지통으로 버린다)
- Empty the trash (휴지통을 깨끗이 비운다)

- Now download and install the latest version of Scorch from our website which will update the Sibelius fonts automatically:
  (아래의 링크사이트에서 Sibelius Scorch를 다운받아 설치하면... 삭제한 폰트가 다시 설치된다)
http://www.sibelius.com/cgi-bin/download/get.pl?com=sh∏=scorch

- Restart the computer and start Sibelius and see how it behaves.